应当向设区的市级劳动能力鉴定委员会提出确认申请。
《工伤保险条例》第三十三条【停工留薪期】
“职工因工作遭受事故伤害或者患职业病需要暂停工作接受工伤医疗的，在停工留薪期内，原工资福利待遇不变，由所在单位按月支付。停工留薪期一般不超过12个月。伤情严重或者情况特殊，经设区的市级劳动能力鉴定委员会确认，可以适当延长，但延长不得超过12个月。工伤职工评定伤残等级后，停发原待遇，按照本章的有关规定享受伤残待遇。工伤职工在停工留薪期满后仍需治疗的，继续享受工伤医疗待遇。生活不能自理的工伤职工在停工留薪期需要护理的，由所在单位负责。”
《工伤保险条例》第二十五条【鉴定机构】
“设区的市级劳动能力鉴定委员会收到劳动能力鉴定申请后，应当从其建立的医疗卫生专家库中随机抽取3名或者5名相关专家组成专家组，由专家组提出鉴定意见。设区的市级劳动能力鉴定委员会根据专家组的鉴定意见作出工伤职工劳动能力鉴定结论；必要时，可以委托具备资格的医疗机构协助进行有关的诊断。设区的市级劳动能力鉴定委员会应当自收到劳动能力鉴定申请之日起60日内作出劳动能力鉴定结论，必要时，作出劳动能力鉴定结论的期限可以延长30日。劳动能力鉴定结论应当及时送达申请鉴定的单位和个人。”
综上所述，当工伤职工与用人单位就停工留薪期的长短（包括是否需要延长）发生分歧时，双方均有权也应当向设区的市级劳动能力鉴定委员会提出申请，由其根据医疗诊断证明、病历资料等，结合相关标准（如《工伤职工停工留薪期分类目录》等地方性规定），作出专业的、具有法律效力的确认结论。
具体操作建议如下：
收集材料：准备工伤认定决定书、医疗机构的诊断证明、病历、检查报告等所有相关医疗文书。 提出申请：向用人单位所在地的设区的市级劳动能力鉴定委员会提交书面申请，说明争议事实及请求。 等待鉴定：劳动能力鉴定委员会受理后，将安排专家进行鉴定，并作出书面结论。 处理结果：劳动能力鉴定委员会出具的确认停工留薪期的结论具有法律效力，双方均应遵照执行。如一方不服，可依法申请再次鉴定。风险提示：切勿仅凭单方意见或自行协商处理，以避免因期限争议导致工伤待遇无法及时足额落实，或影响后续伤残等级的评定及待遇计算。
